HOME > システムの紹介 > アプリケーション紹介

アプリケーション紹介

アプリケーション紹介

スーパーコンピュータシステムでは計算サービスを有効に活用していただけるよう、各種の計算化学アプリケーションや化学情報データベース、可視化ツールなどを提供しています。

利用スタイルとしては、ターミナルエディタで計算サーバに直接ログインしてバッチジョブとしてジョブを投入する、という方法だけでなく、ご自身のPC端末にインストールして、 その端末からジョブを実行する、あるいはそのPC端末上でジョブを実行する、という形もあります。 アプリケーションによって、どのようなスタイルが利用できるか異なりますので、このホームページで掲載されているアプリケーションのページでご確認ください。

例えば、京都大学所属の方がPC端末で利用可能な計算化学アプリケーションとしては、Materials Studio および Discovery Studio があります。

また、GaussianやGaussViewについては、宇治地区限定のサイトライセンスを管理していますので、スパコンシステムユーザでなくてもPC端末へのインストールが可能ですので、 インストールメディアが必要な方はお知らせください。


Materials Studio

Discovery Studio

 

また、計算サーバでは化学情報データベースとして化合物の結晶構造情報を検索参照することが可能なCSD(Cambridge Structual Database)が利用できます。 このCSDは、PC端末で実行可能なWindows版/Mac版、Webブラウザで利用できるWebCSD、さらに計算サーバにインストールされたCSD等が用意されています。


CSD(Cambridge Structual Database)

 

その他、数式処理アプリケーションとして、宇治地区限定ですが、Mathematicaが利用できます。 Mathematica はネットワークライセンス型アプリケーションであるため、研究室のPC端末上でも利用が可能です。


Mathematica

計算サーバではプログラムを開発することも可能です。開発環境としては、自動並列化機能を備えたIntelコンパイラ、科学計算ライブラリや性能解析ツールなどが用意されています。 これらのツールを使用することで、OpenMPやMPIを利用した大規模な並列プログラムを効率的に開発・実行することも可能です。

計算サーバでは、ゲノムネットサービスの利用支援およびゲノムネット環境構築のノウハウをもとに、バイオインフォマティクス研究を強力に支援するための計算環境を用意しています。 300を越える分子生物学フリーウェアが提供され、その数は日々増えています。また、常に最新の分子生物学データベースも利用できます。 特に、数TBを越えるメモリ空間が利用できる大規模共有メモリシステムにて、次世代シークセンサーから出力された膨大なデータに対するアセンブリングやデータ解析が可能なほか、 一時的に数TBを越えるディスク領域も利用できます。 利用可能なアプリケーションおよびデータベースについてはこちらをご参照ください。