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Materials Studio

機能概要

Materials Studio (以下 MS) は、Materials Visualizerというグラフィックスインターフェースを中心に、オプションモジュールを組み合わせることによって、 低分子、高分子、結晶など多彩な物質のモデリングに最適な環境をユーザに提供します。

スパコンシステムでは、宇治・吉田・桂のすべての地区に対するサイトライセンスを保有しています。 したがって、Materials Studioの全モジュールが利用可能です。

どのような機能を持つモジュールが用意されているか、どのような研究に活用できるかなどについては以下のサイトをご参照ください。
http://accelrys.co.jp/products/collaborative-science/biovia-materials-studio/

利用方法

各研究室内で特定のPCにインストールして利用することができます。 また、Materials Studio および Discovery Studio は京都大学 宇治・吉田・桂キャンパスにおける アカデミックサイトライセンス契約となっていますので、同一研究室内で、複数の利用者が同時に 当該アプリケーションを利用することも可能です。 利用希望者は特殊アプリケーション利用申請書を提出してください。

【利用条件】
本アプリケーションはアカデミックサイトライセンス契約に基づく利用となります。そのため、以下の制約がありますので、ご注意ください。
(利用者)
京都大学に所属する教職員・学生
(利用場所)
京都大学の宇治・吉田・桂キャンパス内に設置されたパソコンに限られます。 ただし、学外(自宅、他大学等)から京都大学ネットワークに接続し、 計算サーバに直接ログインして計算を実行することは可能です。
(利用目的)
学問的使用および学問的研究を目的とした使用で、使用結果に関しては 秘密性や独占性がなく、直ちに公表できる研究にのみ利用が認められます。
また、企業からの資金提供を受けたプロジェクトではこれらソフトウェアを利用することはできず、 公的資金で運営されているプロジェクトでのみの利用となります。
さらに、利用者自身の研究目的にのみ利用することができ、受託解析を行うことはできません。 ただし、他の大学と共同研究を実施して京都大学の研究者が解析を行った場合、その解析結果が その京都大学の研究者の名前を含めて発表されるのであれば、問題ありません。

計算を行う場合、Visualizer を介して実行する方法と、計算サーバにログインし直接コマンドラインから 実行する方法があります。

また、Visualizer では、PC端末と計算サーバのどちらでも計算を実行させることができます。

ライセンスサーバの指定

【準備】
MSやDSの利用の際には事前にライセンスサーバの指定が必要です。 具体的な設定手順はインストールドキュメントを参照いただくこととし、ここでは要点のみお知らせします。

(1) Windowsのスタートメニューから、Accelrys -> Licensing -> License Administrator x.x.x を選択します。 (Windows7では「管理者として実行…」で開くことが必要な場合があります。)
(2) 画面が開いたら、Lisense Server Connections を選び、[Edit...] でライセンスサーバの設定画面を開きます。
(3) Redundant servers にチェックを入れ、各 Host name と Port は次のようにしてください。

Host name: fe1.scl.kyoto-u.ac.jp
Host name: fe2.scl.kyoto-u.ac.jp
Host name: fe3.scl.kyoto-u.ac.jp
Port: 1715

Materials Visualizerからの計算実行

【準備】
Visualizer から計算サーバへジョブを投入する場合には、Gatewayサーバの設定が必要です。 Gateway サーバとは、PC端末と計算サーバを中継してくれるサーバです。
自分のPC端末上で計算を行う場合にはこの設定は不要です。

  1. MS を起動
  2. Tools -> Server Console を選択し、Server Console ダイアログを表示
  3. Server Console にて、操作 -> 新規作成 -> Server Gateway を選択し、New Server Gateway ダイアログを表示
  4. URL: http:// に fe2.scl.kyoto-u.ac.jpを入力
  5. Port Number: には、使用したいバージョンに応じた番号 を指定

【実行】
各計算モジュールに Job Control というタブがあります。(たとえば、CASTEP では Modules -> CASTEP -> Calculation )
この中で Gateway location: で 自分のPC端末で実行させる場合には、My Computer を選択します。

計算サーバでジョブを実行したい場合には、【準備】で設定したGateway サーバを指定します。 さらに、Queue では利用するバッチキュー、また必要に応じてRun in parallel で使用する CPU 数を指定してください。

もし、新しいポート番号のGatewayを登録したにも関わらず表示されない場合には、PC端末の再起動をお願いします。

【バージョンとポート番号の対応】
計算サーバ側で MS のバージョンアップが行われ、そのバージョンで計算サーバ上で計算をしたい場合には PC端末側の MS も バージョンアップが必要です。また、その場合、最新バージョンを利用するには、そのバージョンに応じたポート番号の指定が必要です。 これまでの計算で使用したバージョンを当面使い続けたい、バージョンアップをすぐに行う時間的余裕がない、といった場合には、 今の設定のままで当面利用が可能です。

各バージョンとポート番号の対応は、以下の表を参考にしてください。

Port NumberMSバージョン
188888.0
188892016
188902017 R2 (最新版)

コマンドラインからの実行

コマンドラインから計算モジュールを実行することができます。 以下に、コマンドラインから実行する時のコマンド名を示します。 なお、Discover は Ver.8.0より提供されないため、Ver.7.0のDiscoverとなっています。 ご注意ください。

計算モジュールコマンド名
CASTEPRunCASTEP.sh
DMol3RunDMol3.sh
ONETEPRunONETEP.sh
VAMPRunVAMP.sh
ForciteRunMatScript.sh
Discover (Ver.7.0)RunDiscover.sh

上記も含め、スパコンシステムではMSのすべての計算モジュールが利用できます。

また、新システムでは、上記コマンドを実行する前に、Materials Studioの環境変数の設定を 行う必要があります。 バッチスクリプトでは、以下の2行を上記のコマンドの前に記述してください。

source /etc/profile.d/modules.csh  (Cシェルの場合)
module load ms/17.2
また、古いバージョンを利用したい場合には、利用したいバージョンを指定してください。
source /etc/profile.d/modules.csh  (Cシェルの場合)
module load ms/8.0
番号の指定は、最新版の場合でも必ず設定してください。

利用できるバージョンと設定方法

バージョン設定方法
2017 R2module load ms/17.2
2016module load ms/2016
8.0module load ms/8.0
7.0module load ms/7.0

利用可能なキュー

JP および UV のキューで利用できます。

FAQ

【症状】Communication Error となり計算結果を計算サーバからPC端末へダウンロードできません。
【原因】計算結果のファイルサイズが数10MBを超えるような大きな場合に、Communication Errorとなることが多いようです。
【対処】
(1)計算サーバにログインします。
(2)計算結果ファイルをユーザがアクセス可能な領域へコピーします。そのためのコマンドとして、getmsjob.pl が用意されています。
(3)PC端末から、FFFTPやWinSCP等のツールを使って、PC端末へダウンロードしてください。

(2) の具体的な手順は以下の通りです。なお、以下のJob IDとは、例えば 9CVD3, Q1T0P, XXJHT, UG8G0 といった5桁の英数字からなるIDです。

% getmsjob.pl
Destination directory to copy results [/aptmp/xxx]:   
    (コピー先のディレクトリを入力してください。[ ] 内はデフォルト値です。)
Enter PC user name:   
     (特殊アプリケーション利用申請で登録した、PC端末のユーザ名を入力してください。)
Select Materials Studio Version (8/[2016]/2017):
     (計算で利用したMaterials Studio のバージョンを入力してください。)
Enter Job ID (five characters) or 'q' to exit:     
    (Job IDを入力してください。Job ID の計算結果ファイルが、
                                      最初に指定したディレクトリへコピーされます。)
Enter Job ID (five characters) or 'q' to exit:     
   (他にもジョブがある場合、同様にそのJob IDを入力してください。
                                                  なければ、q を入力してください。)
Bye.

ダウンロード

特殊アプリケーションの利用申請を提出されたユーザのみ以下よりインストールメディアのダウンロードが可能です。

ダウンロードセンター(システムのIDとパスワードが必要)

マニュアル

関連サイト