Materials Science Suite

機能概要

Materials Science Suite は、材料化学系モデリングプログラムです。分子構造の構築・モデルの作成、シミュレーション、特性予測やデータ分析などのすべての工程を容易に行うことができます。また、気相および液相での高精度な第一原理計算、暗黙もしくは明示的な溶媒を用いた古典的シミュレーションが可能です。計算結果を利用した予測機能としては、反応熱化学と反応経路探索、遷移状態理論からの反応・輸送速度定数、酸化・還元ポテンシャル計算用の有効モデル、大規模な系の生成熱と原子化エネルギー、遷移金属を含む系でのプロパティ計算、電場依存特性の有効な計算、複雑系の振動および電子スペクトル予測などが可能です。

Materials Science Suite では、以下のプログラムが利用できます。

Jaguar: 高速量子計算
CombiGlide: コンビナトリアルライブラリ発生
MacroModel: 分子力場・配座解析
Canvas: ケムインフォマティクス・プラットフォーム
Knime Extensions: ワークフロー解析
Maestro:統合インターフェース

なお、Materials Science Suite は商用版Desmond のみの対応です。スパコンシステムでは商用版Desmond のライセンスは1ライセンスのみを保持しています。

利用方法

各研究室内で特定のPCにインストールして利用することができますが、一人の利用者がインストールして利用できる端末は当面1台に限らせていただきます。利用希望者は特殊アプリケーション利用申請書を提出してください。

PC端末と計算サーバのどちらでも計算を実行させることができます。

利用範囲

・京都大学所属ユーザ
・利用場所：宇治キャンパス

利用キュー

Desmond の場合はAPG、それ以外はAPG以外のバッチキューをご利用ください。

利用可能なバージョン

現在利用可能なMaterials Science Suite のバージョンは以下の通りです。

2023-4

ライセンスサーバ

ライセンスサーバは以下になります。

27000@fe2.scl.kyoto-u.ac.jp

PC端末から利用する場合の注意点

PC端末にて利用する場合、以下の手順で準備をお願いします。なお、YYYY-V はバージョン番号を示しています。（例えば、2023-4など）

ダウンロードセンターより、インストールメディアおよびライセンスファイル（license.txt)および設定ファイル(schrodinger.hosts)を取得します。
schrodinger.hostsファイルのuserIDの箇所は、スパコンシステムのユーザ名に書き換えておきます。userIDの箇所は複数ありますのでご注意ください。
setup.exe を実行して、インストールを開始します。インストールの最後に、[configure] [OK] のボタンが表示されますが、[OK]を押して終了します。
ライセンスファイルと設定ファイルをインストールディレクトリ以下に置きます。もし、インストールディレクトリが Program Files\SchrodingerYYYY-V であれば、 SchrodingerYYYY-V 以下においてください。すでに同じ名前のファイル名がある場合には、上書きコピーで構いません。
以下を参考にリモートログインの設定をしてください。

Windowsのスタートメニューなどから、Schrodinger-YYYY-V -> Remote Login Configuration を起動し、"Remote Access Setup"画面を開きます。
1. Generate the Keys の下にある The generated keys are located at: の "Private key:" と "Public key:" を確認します。
(a) "Private key:" と "Public key:" に鍵ファイルのパスが表示されている場合は、すでに鍵ペアが作成済みです。その場合には、[Generate Kyes]ボタンは押さずに、次の 2. Configure and initialize host access へ進んでください。
(b) "Private key:" と "Public key:" に何も表示されていない場合は、 [Generate Keys]ボタンを押し、Private and public key-pair generated. というメッセージが出力されるので、[OK]を押します。
2. Configure and initialize host access の [Initialize Host Access...]ボタンを押し、"Remote Access Initialization"画面を開きます。
以下に示すように、Hosts from schrodinger.hosts の User 欄には、スパコンシステムのユーザ名（userID)が表示されています。

Enter a host and user name Hosts from schrodinger.hosts

Host User Host User

Double-click to edit Double-click to edit fe2.scl.kyoto-u.ac.jp ユーザ名
Hosts from schrodinger.hosts の下にある fe2.scl.kyoto-u.ac.jp の行をマウスでクリックして選択し、[Initialize]ボタンを押します。
"Enter the password"という画面が表示されますので、スパコンアカウントのPassword を入力し、OKを押します。 Status 画面の最後に、Status:OK と表示されていれば、成功です。右下の[Close]ボタンを押して、その画面を閉じてください。
さらに、[Close]ボタンを押して、"Remote Access Setup"画面も閉じてください。これで、設定が完了です。

新システム移行時の注意点

新システムに移行する場合、以下の実施をお願いします。

ライセンスファイルの置き換え：ダウンロードセンターより取得
schrodinger.hostsの置き換え：ダウンロードセンターより取得
ライセンスサーバの設定変更：SchrodingerYYYY-V の Configure Software を起動
（以下の「よくある質問」にある「Could not get Maestro Materials Science license. と表示され・・・」を参照ください）
リモートログインの再設定：SchrodingerYYYY-V の Remote Login Configuration を起動

よくある質問

【質問】Materials Science起動時に、FATAL -1: Could not find a license file. と表示される。
【回答】ライセンスファイルを SchrodingerYYYY-V フォルダにおいてください。SchrodingerYYYY-V は、デフォルトでは Program Files 以下になります。

【質問】Materials Science起動時に、FATAL -96: Could not check out a license for mmlibs version 3.2. と表示される。
【回答】ライセンスファイルが壊れている可能性があります。再度、ダウンロードサイトより取得して、SchrodingerYYYY-V フォルダにコピーしてください。

【質問】Remote Login Configurationの設定でEnter a host and user name の欄の設定が削除できないため、設定をすべて元に戻したいのですが。
【回答】C:\Users\＜ユーザ名＞\AppData\Roaming\SchrodingerフォルダにあるSchrodingerPlinkConfig.iniを削除し、またC:\Users\<ユーザ名>以下の*.ppkファイルもすべて削除してください。なお、AppDataは隠しファイルですので、もしAppDataが見つからない場合は、隠しファイルも表示するように、フォルダの表示オプションの設定を変更してください。

【質問】Materials Science起動後、Could not get Maestro Materials Science license. と表示され、強制終了となります。
【回答】ライセンスサーバの指定を確認し、必要に応じて正しいサーバの登録をお願いします。
手順としては、SchrodingerYYYY-V の Configure Software を起動します。そして、Installed licenses: はライセンスサーバと同じであるか確認します。
もし異なる場合、Add Licenses : I can identify my license server を選択し、Host Name: と　Port: にはライセンスサーバとそのポート番号を記載後、Save Server ボタンを押下してください。 (2024年現在 Host Name: fe2.scl.kyoto-u.ac.jp Port: 27000)

ダウンロード

以下よりインストールメディアおよび設定ファイルのダウンロードが可能です。

ダウンロードセンター（システムのIDとパスワードが必要）

マニュアル

Schrodinger Suite Documentation [HTML]